यह फिल्म ब्रिटिश शासन के दौरान आजादी से पहले के भारत पर आधारित है और जैसे ही इसकी शुरुआत होती है, हम अनलीसन उर्फ इस्सा उर्फ कैप्टन मिलर (धनुष) की मां को उनके 600 साल पुराने स्थानीय शिव मंदिर की कहानी सुनाते हुए देखते हैं जहां अय्यनार कोरानार की मूर्ति को गुप्त रूप से दफनाया गया था। वह बताती हैं कि जब मंदिर बनाया गया था तो मंदिर के आसपास की जमीनें स्थानीय आदिवासियों को उपहार में दे दी गई थीं, लेकिन जाति और सामाजिक भेदभाव के कारण क्षेत्र पर शासन करने वाले राजाओं ने उन्हें इसमें प्रवेश की अनुमति नहीं दी थी।

इस्सा अपनी मां के निधन के बाद गांव में बेकार रहता है जबकि उसका बड़ा भाई सेनगोला (शिव राजकिमार) स्वतंत्रता आंदोलन का हिस्सा है। ऐसा तब होता है जब उसका ग्रामीणों के साथ टकराव होता है और वे वहां से चले जाने के लिए कहते हैं, तब इस्सा 'सम्मान' हासिल करने के लिए ब्रिटिश-भारत सेना में शामिल होने का फैसला करता है।

हालांकि सेनगोला उसे इससे मना करता है, लेकिन इस्सा आगे बढ़ती है और उसकी किस्मत बदल जाती है। ब्रिटिश सेना द्वारा नामांकित मिलर, इस्सा उस बटालियन का हिस्सा है जो स्थानीय प्रदर्शनकारियों के खिलाफ भयानक हमले में शामिल है। आहत होकर, इस्सा ने सेना छोड़ दी और क्रांतिकारी कैप्टन मिलर बन गई। इस्सा को क्या हुआ? उसकी प्रेरणा क्या है? वह किसके लिए और किसके लिए लड़ रहा है?

निर्देशक अरुण मथेश्वरन की फिल्मों में हिंसा को एक मजबूत तत्व के रूप में दिखाया गया है और कैप्टन मिलर में भी स्वतंत्रता-पूर्व भारत की पृष्ठभूमि और सामाजिक अन्याय और स्वतंत्रता की लड़ाई के विषय को देखते हुए, हत्याओं और झगड़ों का हिस्सा है। पूरी फिल्म में टारनटिनो-एस्क के कई शेड्स बिखरे हुए हैं - उदाहरण के लिए, फिल्म को अध्यायों में विभाजित किया गया है; दूसरे भाग में तलवार की लड़ाई हमें किल बिल की याद दिलाती है; और अनेक दृश्यों में पश्चिमी का आभास और अहसास है। इस्सा का चरित्र आर्क और वह कैसे एक ग्रामीण आदिवासी से एक खूंखार क्रांतिकारी में बदलता है, निर्देशक ने कहानी की तरह अच्छी तरह से चित्रित किया है।